Dovrebbe derivare dal nome Bonenatus, uno dei nomi augurali attribuiti al neonato con l'intento di augurargli ogni bene. Del nome si ha un esempio in un atto del 1438 dove come testimoni compaiono: "Testes: Bonenatus Pujada, curritor auris, et Iacobus Sala, mercator, cives Barchinone.".
Il cognome Benenati oltre al ceppo romano ne ha uno nel sassarese, ma il vero nucleo è in Sicilia. Benanato, quasi unico, è del catanese. Benenato, rarissimo, ha un ceppo in Campania ed uno nel catanese. Beninati ha un grosso ceppo a Palermo, nel messinese ed a Catania. Beninato ha un ceppo nel napoletano ed in Sicilia a Messina e nel catanese, ma soprattutto nel siracusano. Bonanati e Bonanato sono rarissimi.
Il cognome Beninato è 2582° nella regione Sicilia Il cognome Beninato è 517° nella provincia di Siracusa Il cognome Beninato è 35° nel comune di Pachino (SR)