Dovrebbe derivare dal nome latino Benignus ("benevolo, buono").
Si ricorda San Benigno Bossi, che fu arcivescovo di Milano dal 465 al 472, ed un San Benigno che fu allievo e discepolo prediletto di San Patrizio patrono d'Irlanda.
Tracce di queste cognominizzazioni si trovano ad esempio nei Fragmenta historiae pisanae pisana dialecto conscripta nell'anno 1278: "...MCCLXXVIII. In del cui tempo si fecie la pacie cho li Fiorentini, Lucchezi, Senesi, Pistoresi, e li autri Comuni de la Compagnia de' Guelfi di Toscana, essendo a oste di fuori dal fosso a Rinonichi; e feciesi in del padiglione di Fiorenza; e funno Ambasciatori e Sindichi del Comuno di Pisa Messere Marzucho Iscornigiano, Messere Nicolò de' Benigni, e Messere Guido da Vada;...".
Il cognome Benigno è diffuso al sud ed al nord d'Italia. Benignetti, piuttosto raro, dovrebbe essere originari di Marche e Abruzzo.
Il cognome Benigno è 1069° nella regione Sicilia Il cognome Benigno è 357° nella provincia di Palermo Il cognome Benigno è 4° nel comune di BELMONTE MEZZAGNO (PA)