Potrebbe derivare da un termine dialettale derivato dal franco betun, "fango", oppure dal toponimo Bedonia (PR) o ancora da un soprannome derivato dal francese bedon, "grasso".
Il cognome Bedoni è diffuso in tutto il nord, ma soprattutto in Lombardia e nel Veneto ed in provincia di Milano in particolare, e ha una buona presenza nel Lazio.