Dovrebbe derivare dalla forma etnica medioevale bavarus, "bavaro", intendendo quindi un'origine germanica del capostipite: i Bavari erano una potente tribù barbara di germani, stanziata originariamente in Boemia, i bavari giunsero inizialmente in Italia nelle schiere dell'esercito longobardo, poi arrivarono come forze alleate dell'esercito svevo di Federico.
Il cognome Bavaro ha ceppi nel napoletano ed avellinese, nel foggiano e soprattutto nel barese. Bavari è quasi unico.