Dovrebbe derivare dal termine baglio o baglivo che dal tardo medioevo serviva ad indicare personaggi che occupavano posizioni rilevanti sia politiche che amministrative o giudiziarie.
Il baglio o balio o balivo era il magistrato o il consigliere reggente una città per conto del sovrano e appartenere alla famiglia di un balivo era motivo onorifico, tanto da renderlo un attributo da trasmettere alla discendenza.
Il cognome Baglioni è tipico della fascia centrale dell'Italia.