Dovrebbe derivare da un soprannome legato a rapporti di vario genere del capostipite con un'abbazia.
Il cognome Badessa sembra avere un ceppo torinese ed uno siciliano. Badessi, molto raro, sembra romano. Badesso, rarissimo, è tipico del trevigiano.
Il cognome Badessa è 5254° nella regione Sicilia Il cognome Badessa è 1309° nella provincia di Messina Il cognome Badessa è 41° nel comune di Villafranca Tirrena (ME)