Dovrebbe derivare dall'aferesi del nome medioevale Anzuinus, una variante di Ansovinus (dal germanico Ansuin, "divinità amica"), che compare ad esempio tra i Priori in un atto del 1573, dove tra gli altri si cita un certo Anzuinus Confaloni.
Si potrebbe però anche trattare dell'apocope del cognome Zuinglius, la latinizzazione di Zwingli (si ricorda ad esempio il teologo del 1400 Huldrych Zwingli). Infine potrebbe essere invece una forma arcaica dialettale per giovane, ad indicare forse la giovane età del capostipite o per differenziarlo rispetto al padre.
Il cognome Zuin è tipicamente veneto, è diffuso nelle province di Vicenza e Treviso e, soprattutto, nel padovano e nel veneziano. Zuini potrebbe essere lombardo. Zuino è quasi unico. Zui, rarissimo, è udinese.