Dovrebbe derivare da una forma ipocoristica contratta del termine dialettale veneto zovin, "giovane", oppure da una forma dialettale contratta di un diminutivo del nome Giovanni, che dapprima diventerebbe Zovàni e poi Zoni, e nella sua forma ipocoristica Zonin.
Il cognome Zonin è tipicamente veneto, del vicentino e del veronese. Zonini è praticamente unico così come Zonino.
Il cognome Zonino è 31020° nella regione Liguria Il cognome Zonino è 19570° nella provincia di Genova Il cognome Zonino è 13798° nel comune di GENOVA (GE)