Dovrebbe derivare da una forma ipocoristica contratta del termine dialettale veneto zovin, "giovane", oppure da una forma dialettale contratta di un diminutivo del nome Giovanni, che dapprima diventerebbe Zovàni e poi Zoni, e nella sua forma ipocoristica Zonin.
Il cognome Zonin è tipicamente veneto, del vicentino e del veronese. Zonini è praticamente unico così come Zonino.
Il cognome Zonin è 1385° nella regione Valle d'Aosta Il cognome Zonin è 985° nella provincia di Vicenza Il cognome Zonin è 5° nel comune di GAMBELLARA (VI)