Dovrebbe derivare da una variazione dell'aferesi del nome Francesco (Cesco, Cecco, Zecco). Non si può comunque escludere che possa trattarsi direttamente di un nome originato dal termine zecchino (sia oro di zecca che tipo di moneta), nome usato da genitori che attribuissero al proprio figlio un valore immenso, proprio come oro zecchino.
Il cognome Zecchini è tipico della zona che comprende Emilia e Romagna, basso Veneto e Lombardia.
Il cognome Zecchini è 885° nella regione Emilia-Romagna Il cognome Zecchini è 375° nella provincia di Forli'-Cesena Il cognome Zecchini è 9° nel comune di ANFO (BS)