Dovrebbe derivare da un toponime come ad esempio Rota d'Imagna (BG), Rota Greca (CS) e Camerota (SA). Il termine latino rota significa "ruota".
Il cognome Rota è molto diffuso in Lombardia, con massima concentrazione nel bergamasco, si estende anche nell'alessandrino e nel genovese e presenta ceppi anche nel napoletano, nel casertano e nel cosentino.