Potrebbe derivare dal nome tardo latino Pernus di cui si ha un esempio nel Vitae germanorum Theologorum: "..Virginis locum eminentiorem conscendunt: ibi considentibus collegis surrexit Castrensis; et habita ad populum circumfusum oratione, sententiam de scripto recitavit: Bucerum et Fagium haereseos damnavit: cadavera effodi, et magistratui tradi iussit. Promulgara sententia Pernus qui dam multa in Bucerum dixit quo perorante valvae templi versibus, in reos salse scriptis, fuerunt oppletae...".
Il cognome Perni ha un piccolo ceppo nell'urbinate, uno tra Umbria, reatino e romano. Perno ha un ceppo piemontese, nel torinese e nel cuneese, ed uno a Roma.