Potrebbe derivare da un soprannome dialettale originato dal vocabolo lombardo pernigon, "piccola starna" (uccello simile al fagiano).
Presso l'archivio di Stato a Como risulta la presenza di "de Pernigono" nel comune di Rodero (CO) nel 1446. Dopo una alternanza con la denominazione "de Vispera" il cognome si consolida in Parnigoni (e in qualche caso Pernigoni).
Il cognome Pernigoni è lombardo, ha un ceppo nel bergamasco e nel lodigiano. Parnigoni è tipico del varesotto.
Il cognome Pernigoni è 11136° nella regione Lombardia Il cognome Pernigoni è 868° nella provincia di Lodi Il cognome Pernigoni è 73° nel comune di MASSALENGO (LO)