Dovrebbe derivare da soprannomi di capostipiti dediti alla produzione o commercializzazione della spezia omonima oppure direttamente o tramite una forma ipocoristica, da modificazioni familiari dialettali dell'aferesi del nome Giuseppe.
Il cognome Pepe è molto diffuso in tutto il paese, soprattutto nel sud Italia. Peppe è tipicamente laziale, con un ceppo a Roma, ma il nucleo principale è a Fondi nel latinense. Peppetti ha un ceppo a Todi nel perugino e presenta un piccolo ceppo anche nel viterbese. Peppi, molto raro, è specifico dell'area che comprende bolognese e ravennate.
Il cognome Peppi è 5282° nella regione Sardegna Il cognome Peppi è 1484° nella provincia di Ravenna Il cognome Peppi è 68° nel comune di CASALFIUMANESE (BO)