Dovrebbe derivare da un soprannome diventato poi nome nel tardo medioevo.
Si ricorda ad esempio Pavone Griffi a Giovinazzo (BA) nel XIV secolo e a Bolzano nel 1400 si ha un tal notaio Pavone.
E' anche possibile che qualche ceppo derivi da toponimi come Pavone Canavese (TO), Pavone del Mella (BS), Pavona (RM) o simili.
Tracce di questa cognomizzazione si trovano a Genova nel 1600 con il tipografo ed editore Giuseppe Pavoni; sempre nel 1600, la famiglia Pavoni è annoverata tra i maggiorenti di Alfianello (BS).
Il cognome Pavoni ha un nucleo importante a Roma, uno nelle Marche, nel maceratino in particolare, nel torinese e nel genovese ed uno nel bresciano.
Il cognome Pavoni è 488° nella regione Marche Il cognome Pavoni è 249° nella provincia di Ascoli Piceno Il cognome Pavoni è 1° nel comune di VOBARNO (BS)