Dovrebbe derivare dal nome medioevale Panuntius di cui si ha un esempio in un testamento del 1556: "...Item lasso che ogni anno si dia mezo scudo per far dir la messa di San Gregorio per l'anima mia. Item lasso a mastro Panuntio medico una veste di rascia negra da medico che gli sia fatta nuova....". Panunti, quasi scomparso, parrebbe marchigiano. Panunzi e Pannunzi sono specifici della provincia di Roma. Pannunzio, estremamente raro, è tipico di Agnone nell'iserniese. Panunzio è tipico pugliese della zona di Molfetta nel barese e di Lesina nel foggiano.
Il cognome Panunzio è 1049° nella regione Puglia Il cognome Panunzio è 361° nella provincia di Foggia Il cognome Panunzio è 5° nel comune di LESINA (FG)