Potrebbe derivare da una modificazione dell'aferesi di nomi medioevali come Compagno e Boncompagno, di cui si ha un esempio a Bologna nel XII secolo: "...Boncompagno da Signa, civis Bononiensis, natus est circa annum 1170, obiit circa annum 1240, rhetor et vir doctus Italicus....".
Il cognome Pagnoni ha un nucleo nel bresciano, nel bolognese, nel pesarese e nel Piceno.
Il cognome Pagnoni è 812° nella regione Marche Il cognome Pagnoni è 235° nella provincia di Pesaro E Urbino Il cognome Pagnoni è 7° nel comune di SPINETOLI (AP)