Potrebbe derivare dal termine latino paganus, da pagus ("villaggio") ed indicare una famiglia "che vive nel villaggio" inteso come "chi abita fuori dalla città".
Nel Medioevo inoltre era usanza definire "pagani" i popoli non ancora convertiti alla fede cristiana (germanici, arabi, saraceni).
Il cognome Paganoni è originaro della Lombardia, delle province di Bergamo e Sondrio in particolare.
Il cognome Paganoni è 1410° nella regione Lombardia Il cognome Paganoni è 46° nella provincia di Sondrio Il cognome Paganoni è 2° nel comune di ALBOSAGGIA (SO)