Potrebbe derivare dal cognome patronimico spagnolo Nuñez (che significa "figlio di Nuño" a sua volta legato al latino Nonius, ossia "neonato") che divenne Nunes in Portogallo da cui potrebbero derivare i capostipiti trasferitisi in Italia. La presenza nella nostra penisola risale almeno al 1500/1600.
Il cognome Nugnes è tipico del casertano. Nunes e Nunez sono estremamente rari.
Il cognome Nunes è 9170° nella regione Toscana Il cognome Nunes è 3062° nella provincia di Livorno Il cognome Nunes è 201° nel comune di CAPODIMONTE (VT)