Deriva dal sostantivo campidanese Nonnu, "padrino di battesimo o di cresima", anche se in senso stretto varrebbe per "nonno". E' pure possibile una derivazione da un'alterazione del termine onni, cioè "nativo di Fonni".
Il cognome Nonnis, decisamente sardo, è diffuso in tutta la Sardegna, ma soprattutto nel cagliaritano. Nonne è specifico del nuorese e del sassarese.