Potrebbe derivare da forme aferetiche di nomi come Danilo, Sabinillus o simili, come il gotico Unila, o in alcuni casi dal nome greco Nilus, o dal nome turco Nil.
Il cognome Nilo, molto raro, ha un piccolo ceppo nell'area reatino romana, uno nell'area napoletano beneventana, uno in Puglia ed uno nel trapanese. Nili, quasi unico, è dell'Italia centrale. Nilli è rarissimo, forse dell'area toscolaziale. Nillo, ancora più raro, potrebbe essere dell'area laziale campana
Il cognome Nilli è 14725° nella regione Campania Il cognome Nilli è 7804° nella provincia di Viterbo Il cognome Nilli è 226° nel comune di MONTE DI PROCIDA (NA)