Per quanto riguarda il ceppo sardo potrebbe avere lontane origini spagnole data l'assonanza con il cognome ispanico Nater e Natera di cui si ha un esempio in uno scritto riferentesi al 1600 in Andalusia: "...Andrés Natera Salvatierra fue el típico representante de la aristocracia que se dedicaba a la milicia y al toreo a caballo...". Il ceppo ligure potrebbe invece derivare dal termine francese natte, "stuoia, rete" e potrebbe stare ad indicare un tessitore o fabbricante di stuoie, possibile attività svolta dal capostipite.
Il cognome Nateri sembrerebbe tipico di Cagliari. Natero, rarissimo, sembrerebbe dovuto ad errori di trascrizione di Nattero.