Dovrebbe derivare da un soprannome basato sul termine greco antico naykleros, "armatore", probabilmente ad identificare il capostipite come un antico armatore marittimo.
Tracce di questa cognominizzazione si trovano a Napoli nel 1500, nella cappella di Santa Maria di Conforto, che fu edificata da un certo Tommaso Naclerio nel 1534, come recita un'iscrizione ivi collocata: "Divæ Mariæ Virgini, // Thomas Naclerius // Voti Compos solvit. // An. M. D. XXXIIII."
Il cognome Naclerio è tipico del napoletano. Nacleria, praticamente unico, dovrebbe essere dovuto ad un errore di trascrizione del precedente.
Il cognome Naclerio è 1506° nella regione Campania Il cognome Naclerio è 887° nella provincia di Napoli Il cognome Naclerio è 2° nel comune di AGEROLA (NA)