Deriva dal nome gentilizio romano Muzio, dal latino mūtǐus che significa "balbettante". Potrebbe inoltre derivare dall'aferesi di diminutivi dialettali di nomi come Giacomo, Guglielmo o Cosimo.
Tracce di queste cognomizzazioni si trovano nel 1500 con il Notaio criminale: Orlando Muzi di Giuseppe da Bibbiena e nel 1600 con il pittore Muzi da Raiano (AQ).
Il cognome Muzi è tipico della fascia centrale che comprende Marche, Umbria, Lazio ed aquilano. Muzii ha poche presenze sparse per la penisola così come Muzj.