Dovrebbe derivare da una forma ipocoristica tardo latina del nomen latino Muscus, ma è pure possibile che derivi da un soprannome originato dal termine dialettale campano muscillo, "gattino".
Il cognome Muscillo ha un ceppo pugliese nel foggiano ed uno lucano nel potentino. Muscilli, praticamente unico, è del barese.
Il cognome Muscillo è 425° nella regione Basilicata Il cognome Muscillo è 252° nella provincia di Potenza Il cognome Muscillo è 1° nel comune di GENZANO DI LUCANIA (PZ)