Dovrebbe derivare da soprannomi originati dal termine arabo m'sarràh, "gioia, contentezza", oppure più probabilmente da un soprannome originato dal termine dialettale sia pugliese che siciliano muscaru, impalcatura dove si pone la frutta ad essiccare, forse indicando l'essicazione della frutta, probabilmente dei fichi, come una delle attività del capostipite.
Secondo un'altra ipotesi deriverebbe invece da un soprannome basato sul termine grecanico muscaràs, "allevatore di vitelli".
Il cognome Muscara è siciliano, del messinese in particolare. Muscarà è ben diffuso nella Sicilia centrorientale, nell'ennese, catanese e messinese.
Il cognome Muscara è 1193° nella regione Sicilia Il cognome Muscara è 298° nella provincia di Messina Il cognome Muscara è 10° nel comune di LIBRIZZI (ME)