Dovrebbe derivare da un soprannome originato da un mestiere connesso con la produzione di mortai o con le pratiche funebri. Si ipotizza anche un legame con il toponimo pavere Mortara ad indicare il luogo di origine del capostipite.
Il cognome Mortari ha un ceppo nel mantovano, uno a Colleferro (RM) ed uno nel Salento. Mortara è presente in Piemonte, Lombardia e Liguria. Mortarini, raro, è piemontese e lombardo. Mortaro ha un ceppo nel perugino ed uno nel veronese.
Il cognome Mortara è 667° nella regione Valle d'Aosta Il cognome Mortara è 130° nella provincia di Asti Il cognome Mortara è 2° nel comune di FUBINE MONFERRATO (AL)