Dovrebbe derivare dal vocabolo tardo latino molinarius che significa "addetto al mulino". Le sue origini sono pertanto legate al soprannome di una famiglia che risiedeva nelle vicinanze di un mulino, oppure direttamente del mugnaio o del proprietario del mulino stesso.
Il cognome Molin è veneto. Molini è abbastanza raro e sembrerebbe di origine umbro marchigiana.