Potrebbe avere origini liguri e si dovrebbe trattare di una forma sarda del cognome genovese Migone (dal termine e nome mediovale Amigo, "amico").
Il cognome Migoni è tipicamente sardo, con un ceppo nel cagliaritano ed un ceppo sassarese.
Il cognome Migoni è 1069° nella regione Sardegna Il cognome Migoni è 530° nella provincia di Cagliari Il cognome Migoni è 33° nel comune di POZZOMAGGIORE (SS)