Dovrebbe derivare da un soprannome legato al termine messère (dal provenzale meser, "mio signore") che veniva utilizzato per indicare giudici e notai e poi in seguito anche persone con responsabilità e di rispetto.
Il cognome Messere è presente nella zona compresa tra le regioni Lazio, Molise, Puglie e Campania. Messeri è toscano e specifico della provincia di Firenze. Messieri, raro, è bolognese. Missere dovrebbe essere pugliese, della provincia di Brindisi in particolare. Misseri è probabilmente siciliano, con un ceppo nel palermitano ed uno in provincia di Siracusa.
Il cognome Messere è 586° nella regione Molise Il cognome Messere è 545° nella provincia di Campobasso Il cognome Messere è 5° nel comune di TORELLA DEL SANNIO (CB)