Potrebbe derivare da toponimi quali Castelletto Merli (AL), Montemerlo (PD), Merlino (LO), o dal nome medioevale franco Merle o ancora da un soprannome legato all'uccello, il merlo appunto, forse per indicare una persona sola o solitaria.
Il cognome Merlo, presente in tutto il nord, presenta un forte nucleo in Piemonte ed in Lombardia, ma sono presenti anche ceppi in Sicilia.