Dovrebbe derivare dal nomen latino Merellus (portato ad esempio da Quintus Merellus Macedonius costruttore dell'arco di Gallieno nel 149 d.C.), o anche da soprannomi basati sul termine latino merellus, "pedina", o ancora dal termine ligure merélu, "fragola".
Potrebbe anche derivare dal topomimo Merello della provincia di Alessandria ed indicare il luogo di origine del capostipite.
Il cognome Merelli ha un ceppo lombardo, nel bergamasco, uno a Venezia, uno nell'aretino, uno nel maceratese ed uno nel romano. Merello è tipicamente ligure di Genova in particolare e di Alassio nel savonese.