Potrebbe derivare dal termine veneto arcaico mazzer, vocabolo con il quale si definiva chi apriva le processioni, dettando appunto il tempo ai partecipanti, incarico probabilmente svolto dal capostipite oppure potrebbe derivare da un soprannome legato ad un mestiere o all'appartenenza ad un corpo militare, ma è anche probabile il collegamento con il nome medioevale germanico Mazzi o Mazzo.
Il cognome Mazzer è specifico del trevisano. Mazer, praticamente unico, è dovuto ad un'errata trascizione del precedente.
Il cognome Mazzer è 1230° nella regione Veneto Il cognome Mazzer è 174° nella provincia di Treviso Il cognome Mazzer è 1° nel comune di SAN VENDEMIANO (TV)