Dovrebbe derivare da un soprannome legato al vocabolo dialettale margutto, "sempliciotto, sciocco", in uso nelle Marche, Umbria e Lazio fin dal 1400.
Un Margutto scultore ligneo è presente con una sua opera del 1600 nella pinacoteca di Fermo.
Il cognome Margutti ha sicuramente più ceppi, forse uno nel milanese, uno nel ferrarese ed altri in Italia, il nucleo originario è forse dell'Italia centrale.
Il cognome Margutti è 1674° nella regione Umbria Il cognome Margutti è 530° nella provincia di Rieti Il cognome Margutti è 9° nel comune di VAPRIO D'ADDA (MI)