Potrebbe derivare dal nome medioevale Margarius di cui si ha un esempio nel Vita De Leonis X di Paolo Giovio: "...Processerant Cardonius et Prosper Columna vastabundi usque in proximum Venetiis litus, nusquam prodeunte in aciem Veneto duce, ita ut a Margario aggere pilae tormentis maioribus emissae, ad ipsam usque urbem pervenirent...".
Il cognome Margari è tipico del Salento.