Potrebbe derivare dal nome della Gens Manlia o dal nome personale latino Manlius, da essa originato, anche attraverso un'alterazione successiva Manilius.
Si ha un esempio in epoca imperiale con il poeta e scrittore latino Marcus Manilius, autore fra l'altro del poema in cinque libri Astronomica.
Il cognome Manili è tipico dell'area umbro, aquilano, laziale, del romano soprattutto, ma anche del reatino. Manilio è praticamente unico così come Manli. Manlio è quasi scomparso.
Il cognome Manlio è 16696° nella regione Campania Il cognome Manlio è 9568° nella provincia di Massa-Carrara Il cognome Manlio è 635° nel comune di TURI (BA)