Dovrebbe deriva dal toponimo Malvagna (ME) ed indicare il paese di origine del capostipite.
Il cognome Malvagna, estremamente raro, sembrerebbe tipico della Sicilia orientale.
Il cognome Malvagna è 7012° nella regione Sicilia Il cognome Malvagna è 2364° nella provincia di Siracusa Il cognome Malvagna è 237° nel comune di MISTERBIANCO (CT)