Dovrebbe derivare dal toponimo Malnate della provincia di Varese, probabile luogo d'origine del capostipite.
Il cognome Malnati ha un ceppo nel varesotto e uno secondario a Milano.
Il cognome Malnati è 1596° nella regione Lombardia Il cognome Malnati è 73° nella provincia di Varese Il cognome Malnati è 5° nel comune di BISUSCHIO (VA)