Dovrebbe derivare dal termine malgaro, cioè un custode o proprietario di una malga (ricovero di pascoli montani) oppure dal nome medioevale di origine germanica Malgerius di cui si ha un esempio nel XII secolo in Puglia, con il normanno Malgerius d'Altavilla: "...primus Robertus dictus a nativitate Guiscardus, postea totius apuliae princeps et Calabriae dux, vir magni consilii, largitatis et audaciae, secundus Malgerius, ...".
Il cognome Malgeri, molto raro, sembra tipico del sud della Calabria. Malgherini è rarissimo e potrebbe essere pugliese. Malgieri ha presenze nel beneventano, napoletano e foggiano.
Il cognome Malgherini è 9180° nella regione Lombardia Il cognome Malgherini è 1296° nella provincia di Bergamo Il cognome Malgherini è 86° nel comune di MARCALLO CON CASONE (MI)