Dovrebbe derivare da modificazioni del nome di origini ebraiche Malachia.
Un'altra ipotesi lo lega ad una forma contratta del termine malacitanus, "abitante della città di Malaca", l'attuale Malaga, città del sud della Spagna.
I cognomi Malacchi, forse emiliano/romagnolo, e Malacco, veneto, sono rarissimi.
Il cognome Malacchi è 8504° nella regione Umbria Il cognome Malacchi è 2908° nella provincia di Ascoli Piceno Il cognome Malacchi è 121° nel comune di CREMENAGA (VA)