Potrebbe derivare da un soprannome originato dal termine dialettale mantovano arcaico magott (male tipo otite, infiammazione agli occhi o unghia incarnita), forse per indicare un capostipite particolarmente noioso.
Il cognome Magotti ha un ceppo nel mantovano ed uno nel trentino.
Il cognome Magotti è 1574° nella regione Trentino-Alto Adige Il cognome Magotti è 846° nella provincia di Mantova Il cognome Magotti è 10° nel comune di SAN MICHELE ALL'ADIGE (TN)