Potrebbe derivare dall'antico nome della città di Mainz in Germania, chiamata anticamente Magonza o Maganza.
Si ricorda Gano di Maganza o di Magonza un personaggio del ciclo carolingio della Chanson de geste citato anche da Dante nel canto XXXII dell'Inferno tra i traditori della patria. Tra il 1500 ed il 1600 si trovano i Maganza di Este, una famiglia di pittori manieristi vicentini.
Il cognome Maganza ha un ceppo tra milanese e pavese, uno molto piccolo nel genovese, uno ormai quasi scomparso nel vicentino ed uno nel messinese. Magonza, rarissimo, parrebbe dell'avellinese. Maganzi e Magonzi, quasi unici, sembrerebbero toscani.
Il cognome Magonza è 18037° nella regione Campania Il cognome Magonza è 2846° nella provincia di Enna Il cognome Magonza è 111° nel comune di SOLOFRA (AV)