Potrebbe derivare da uno dei molti toponimi riconducibili a magno, come Magno (BS), San Magno (LT) e molti altri, oppure dal cognomen latino Magnus. Per il ceppo lombardo non si può escludere la derivazione da un soprannome legato al vocabolo dialettale magnon, "che mangia molto".
Il cognome Magnoni presenta un forte gruppo originario nell'area che comprende le province di Milano e Varese, un altro ceppo nel modenese ed uno possibile nelle Marche. Magnone ha un ceppo ligure-piemontese ed uno calabrese.