Potrebbe derivare da un soprannome originato dal termine tardo latino magarellus, una forma del più antico makarellus, latinizzazione del termine normanno mackereel, "sgombro", forse ad indicare nei capostipiti dei pescatori.
Il cognome Magarelli è tipicamente pugliese, di Molfetta nel barese, con presenze anche a Bari e Bisceglie.
Il cognome Magarelli è 1161° nella regione Puglia Il cognome Magarelli è 410° nella provincia di Bari Il cognome Magarelli è 24° nel comune di MOLFETTA (BA)