Dovrebbe derivare dal soprannome dialettale legato al termine latino manca, "debole, imperfetto", in seguito associato alla mano sinistra ed ai mancini.
I cognomi Magagna e Magagni sono tipici del centro-nord. Magagnin è veneto. Magagnini è marchigiano. Magagnoli è emiliano.
Il cognome Magagna è 1111° nella regione Veneto Il cognome Magagna è 358° nella provincia di Padova Il cognome Magagna è 3° nel comune di SAN PIETRO VIMINARIO (PD)