Dovrebbe derivare dal nome dalla regione montuosa delle Madonie o meglio dal suo antico nome come si legge in uno scritto del 1500: "...che li dicti Signuri tuturi si contentano et ni habbiano di restituire li cinco fegi seu territorij et comuni et la universitati predicta nominati li Fraxini, la Cassanisa, li Comuni, Milocca et lo Bosco de la Montagna di Madonia,...".
Il cognome Madonia è tipicamente siciliano, del palermitano soprattutto.
Il cognome Madonia è 396° nella regione Sicilia Il cognome Madonia è 85° nella provincia di Palermo Il cognome Madonia è 1° nel comune di MONREALE (PA)