Dovrebbe derivare da forme dialettali riferite a toponimi come Casanova Lonati nel pavese, Lonate Ceppino o Lonate Pozzolo nel varesotto, probabili luoghi d'origine dei capostipiti.
Il cognome Lunati è tipico dell'area che comprende il genovese, l'alessandrino e l'est della Lombardia. Lunato è rarissimo.