Dovrebbe derivare dal toponimo Lonato (BS) oppure da Lonate Ceppino o Lonate Pozzolo (VA) ed indicare il luogo di origine dei capostipiti.
Tracce di questa cognominizzazione si trovano in provincia di Sondrio fin dal 1500 con Pietro Antonio Lonato titolare di terre in Valtravaglia.
Il cognome Lonati è tipico del bresciano e presenta un ceppo anche nel nord milanese.