Dovrebbe derivare da un soprannome originato dal termine logodurese fundòni, "uomo grosso", per identificare probabilmente una caratteristica fisica del capostipite, oppure da fùndu, "fondo, profondità", ma anche "pianta, fusto, ceppo, radice".
Il cognome Fundoni è tipico dell'Ogliastra in Sardegna.
Il cognome Fundoni è 1501° nella regione Sardegna Il cognome Fundoni è 692° nella provincia di Sassari Il cognome Fundoni è 33° nel comune di BUDDUSÒ (SS)