Deriva da un soprannome originato dal mestiere di funaro, "costruttore di canapi e funi".
Tracce di questo cognome si trovano a Grimaldi nel cosentino nel 1600 con lo scultore Aloisius Funarus.
Il cognome Funaro ha molti ceppi: uno principale a Roma e provincia, uno nel napoletano e casertano, uno nel cosentino, nel genovese ed in Toscana.